Uuden polven sekvensointimenetelmät ovat lisänneet tietoa suun mikrobistosta merkittävästi viime vuosikymmenen aikana. Nämä viljelystä riippumattomat menetelmät ovat mahdollistaneet myös vielä viljelemättömien bakteerien osoittamisen. Tähän ryhmään kuuluu noin puolet suun mikrobiston 700 bakteerilajista. Myös suun mykobiomi on osoittautunut huomattavasti aiemmin luultua monimuotoisemmaksi.
Meneillään on tutkimuksia sen selvittämiseksi, miten mikrobiston koostumus ja sen toiminnalliset ominaisuudet eroavat terveiden ja erilaisia sairauksia sairastavien välillä. Toistaiseksi ei vielä tiedetä, millä kaikin tavoin uutta tietoa mikrobistosta voitaisiin hyödyntää suun sairauksien hoidossa ja diagnostiikassa.
Viljely on edelleen eniten käytetty menetelmä sekä bakteeri- että sieni-infektioiden diagnostiikassa. Viljelyn etuna on, että se mahdollistaa useiden eri lajien tunnistamisen sekä antibioottiherkkyysmäärityksen. Parodontiittiin liittyvien bakteerien ja virusinfektioiden diagnostiikkaan on enenevässä määrin saatavilla nukleiinihapon osoitukseen perustuvia menetelmiä.
Mikrobiologinen diagnostiikka ei ole rutiininomaisesti tarpeen, mutta siitä voi olla hyötyä komplisoituneissa tai toistuvissa infektioissa sekä erotusdiagnostiikassa.
Kliininen merkitys
Uuden polven sekvensointimenetelmillä on löydetty runsaasti sellaisia uusia bakteerilajeja, joita ei toistaiseksi osata viljellä. Tämä on laajentanut tietämystä suun mikrobiston monimuotoisuudesta niin terveillä kuin sairailla.
Löydösten kliininen merkitys on kuitenkin toistaiseksi epäselvä. Kliinisessä työssä suositellaan edelleen viljelymenetelmien käyttöä bakteeri- ja sieni-infektioiden diagnostiikkaan, koska viljely mahdollistaa mikrobilääkeherkkyystestauksen.
Parodontiittiin liittyvien patogeenien ja virusinfektioiden diagnostiikkaan voidaan nykyisin käyttää myös nukleiinihapon osoitustestejä.
Kirjoittajat
Hannamari Välimaa
LT, kliininen opettaja, suun mikrobiologian erikoishammaslääkäri, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri
Helsingin yliopisto ja HYKS, suu- ja leukasairauksien klinikka
hannamari.valimaa@helsinki.fi
Inga Fröding
MD, Consultant in clinical microbiology (Svenska: Biträdande överläkare)
Department of Clinical microbiology, Karolinska University Hospital, Stockholm, Sweden and Department of Laboratory medicine, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
Ellen Frandsen Lau
Associate professor, Dr. odont., PhD.
Section of Periodontology, Department of Dentistry and Oral Health, Faculty of Health, Aarhus University, Denmark.
Käännös: Anna Vuolteenaho
Suom Hammaslääkäril 2019; 10: 22-26
Kirjoitukset julkaistaan kokonaisuudessaan Hammaslääkärilehden arkistossa noin kuukauden viipeellä ensijulkaisusta.
Oral microbiology in the microbiome era – when, how and why to perform microbiological diagnostics
Knowledge on the oral microbiota has increased greatly over the past decade after the introduction of high-throughput sequencing technologies. These culture-independent technologies have enabled the detection of the “as yet” uncultured bacterial species that make up about half of the 700 species identified in the oral microbiome. Similarly, the oral mycobiome has been shown to be much more diverse than previously expected.
Currently, studies are underway to clarify the differences between the microbiome in health and disease with regard to both the species involved and the functional properties of the microbiome. The implications for disease management and diagnostics still remain undetermined.
Culture is still the preferred diagnostic method both for bacterial and fungal infections. The benefit of using culture is that it enables the identification of multiple species and antimicrobial susceptibility testing. Nucleic acid detection methods have become increasingly available for the detection of a number of suspected periodontal pathogens, as well as for the diagnostics of viral infections.
Microbiological diagnostics is not routinely needed, but it may be helpful in complicated or refractory infections and in differential diagnostics.